在微觀層次上，工業制造的理論主要是關于清潔生產的理論。

清潔生產是將整體預防的環境戰略持續應用于生產過程、產品和服務中去，以增加生態效益和減少人類及環境的風險。清潔生產最早于1990年9月由聯合國環境規劃署工業與環境計劃活動中心提出，并在1997年給出了上述定義。

清潔生產包括三方面內容：(1)清潔的能源，包括采用各種***對煤等常規的能源采取清潔的利用***、對沼氣等再生能源的利用和新能源的開發以及節能技術的開發利用。(2)清潔的生產過程，要求節約原材料和能源，淘汰有毒的原材料，采用無毒、無害的中間產品；選用少廢、無廢工藝和高效設備；對物料進行內部循環利用；完善生產管理，不斷提高科學管理水平。(3)清潔的產品，產品設計應考慮節約原材料和能源，少用稀缺的材料；產品在使用過程中以及使用后不含危害人體健康和破壞生態環境的因素；產品的包裝合理，使用后易于回收、重復使用和再生。

從清潔生產的定義和所包含的內容可以看出，清潔生產的提出主要是針對單個企業，應用范圍局限于微觀層次。雖然清潔生產在各地開展廣泛，但目前還有很多因素制約其發展，例如：首先清潔生產的實行需要采用新技術、新設備和對生產的重組，然而單個企業的研發能力和對于研發費用的承受能力是有限的，對于新設備的投資能力也是有限的；另一方面，要在單個企業內完成物料的全部循環和再利用，無論在技術上、生產上，還是在管理上對企業的要求都是非常高的，這也是許多企業在開始實行清潔生產一段時間后又放棄的主要原因之一。