種子發芽是先生根，后發芽。胚根伸長突出種皮，發育成根，不久，從這條根的周圍又生出一些細根，這時，子葉以下的胚軸也在伸長，彎曲著拱出地面，當胚軸伸直的時候，頂端就帶著兩片子葉伸出土面，這就是由幼苗出土。胚芽逐漸發育成莖，莖上生葉，在陽光下，逐漸變成綠色，幼苗就能夠獨立生活。
一般情況下，在胚和胚乳發育的過程中，胚囊體積不斷地擴大，以致胚囊外的珠心組織受到破壞，最后為胚和胚乳所吸收。所以在成熟的種子中沒有珠心組織。但有些植物在種子發育過程中珠心組織保留下來，并儲藏養料形成外胚乳。菠菜、甜菜、咖啡的成熟種子具有外胚乳。胡椒、姜的成熟種子兼有胚乳和外胚乳。
