河流水主要來自高山冰雪融化水及少量雨水；春夏季形成汛期，水量季節變化大；流經區氣候寒冷，河流有結冰現象；大部分河段向北流河流有凌汛。葉尼塞河水量、水能資源均居俄羅斯首位。長度若以色楞格河為源也居首位。有2條源流，一是大葉尼塞河，一是小葉尼塞河。兩河于克孜勒附近匯合后稱葉尼塞河。葉尼塞河干流從南向北流，最后注入喀拉海的葉尼塞灣。流域面積260.5萬平方千米，總落差1578米，平均比降0.41米/千米，河口多年平均徑流量6255億立方米，平均年輸沙量0.12億噸。
葉尼塞河干流從克孜勒至奧茲納琴諾耶為上葉尼塞河，長約475千米，落差1000米；奧茲納琴諾耶至安加拉河人匯處為中葉尼塞河，長約876千米；安加拉河河口至入海口稱下葉尼塞河，長約2130千米。葉尼塞河水力資源豐富，在干流上建有大型克拉斯諾亞爾斯克水電站和薩彥-舒申斯克水電站，河流還是附近地區重要的水運干線，海輪可上溯至伊加爾卡，薩彥諾戈爾斯克以下定期通航。葉尼塞河流域內富森林、煤炭、鐵、銅、有色金屬以及水產資源。下游漁業發達。兩岸景色秀麗，雄偉壯觀，夏季旅游航線可達迪克森。主要河港有阿巴坎、葉尼塞斯克、伊加爾卡、杜金卡等。
