河馬的平均壽命在30-40年之間。在現實生活中，有很多因素會導致河馬壽命縮短。尤其是小河馬，容易被體型比較大的動物捕食。成年的大河馬雖然一般沒有天敵，不過也可能會因為各種人類的活動縮短壽命。
河馬常見的主要威脅，是為了獵肉和牙齒而進行的非法和無限制的狩獵，及棲息地喪失。非法狩獵被認為在棲息地領域的發生的戰亂最為嚴重，超過8年的在剛果（金）內亂和戰斗中，當地的河馬種群下降了95%以上，來自布隆迪和科特迪瓦也有報道廣泛被偷獵肉食。對于常見的河馬種群保護區高比例的國家，河馬數量的降低速度要低得多，因此要獎勵棲息地的保護并且對非法狩獵制定懲治措施。
